Mario vs. Donkey Kong: ¡Megalío en Minilandia! presenta a Mario en la inauguración de un nuevo parque de atracciones. Su amiga Pauline es la invitada especial de este evento y, en su honor, deciden repartir una edición limitada de muñecas de Pauline a los 100 primeros asistentes. El evento que pronto se ve interrumpido porun descontento Donkey Kong, que llega en el puesto número 101 y no piensa quedarse sin muñeca, así que ni corto ni perezoso  vuelve a las andadas y decide raptar a Pauline ante Mario. Menudo problemón para Mario, que sólo cuenta con la ayuda de un grupo de miniaturas de juguete hechos a su imagen y semejanza, los Minimarios, para salvarla. En Mario vs. Donkey Kong: ¡Megalío en Minilandia! nos encontramos de nuevo con una aventura de fondo como línea argumental de una sucesión de puzles que te obligan a poner en práctica tus mejores dotes de 
estratega. Como en la anterior versión, no mueves al personaje, mueves el mobiliario y construyes sobre la marcha. Una vez “activas” a los Minimarios con un toque te stylus, más te vale haber colocado (y recolocar a medida que avanzan) con ingenio los objetos en la pantalla para que sigan el camino que tú les marques y puedas así guiarles hasta la salida en el menor tiempo posible. El
juego te brinda “constructivas” herramientas en forma de puentes, escaleras, cañones móviles, cintas transportadoras, tuberías y plataformas móviles, para que a los Minimarios no les resulte imposible evitar las trampas y enemigos que encontrarán en su camino.