Después de que una nave espacial extraterrestre se estrellase en la Tierra en el año 1999, la raza humana fue capaz de alcanzar las estrellas gracias al milagro de la Protocultura, que les permitió desarrollar la Robotecnología. Sin embargo la odisea por el espacio trajo también consigo una inesperada guerra contra razas alienígenas hostiles, los Zentraedi y los Invid, que devastó el propio planeta Tierra.

Tras un conflicto árduo y sangriento, en el año 2.044, los defensores supervivientes de la Tierra, tuvieron éxito al expulsar a los Invid del planeta. Ahora todos ellos tienen una misión decisiva para el futuro de la Humanidad, encontrar al mítico almirante Rick Hunter, cuya nave SDF-3 se perdió durante la lucha final. Una misión de salvamento parte en su busca. Ahora cuentan con nuevas unidades de combate conocidas como Shadows, que tienen la capacidad de ocultar su fuente de Protocultura para así evitar ser descubiertos.